Desde el año 1995 se empezaron a realizar las Escuelas de Pastoral Indígena y Pastoral Afrocolombiana, que desarrollaron tres áreas:
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Derechos de los Pueblos
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Espiritualidades
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Metodología de Trabajo Comunitario
Este ejercicio se llevó a cabo al principio con grupos procedentes de diferentes territorios de Colombia y, más tarde, se realizaron en diversas regiones (Cauca, Chocó, Antioquia y La Guajira) hasta el año 2005.
De igual manera, por solicitud de las Misioneras de la Madre Laura, se realizaron varias sesiones de la Escuela de Pastoral Indígena en Venezuela y en Perú.